Университет является старейшим и крупнейшим ВУЗом Словакии. Входит в ассоциацию университетов Европы Утрехтская сеть. Обеспечивает возможность получения высокого уровня образования. Является признанным центром науки и исследований. Имеет статус национального университета.

Университет состоит из следующих факультетов:
• Естественных наук
• Католический теологический
• Педагогический
• Фармацевтический
• Физической культуры и спорта
• Медицинский факультет в Мартине
• Медицинский факультет
• Физико-математический
• Евангелистский теологический
• Менеджмента
• Социальных и экономических наук
• Философский
• Права

Факультет естествознания:
• Биология
• Систематическая биология
• Медицинская биология
• Учение об окружающей среде
• Геология
• Палеобиология
• Геология землепользования
• Прикладная геология (на английском языке)
• География и геоэкология для ландшафтного планирования
• География, геоинформатика и картография
• География, региональное развитие и европейская интеграция
• География и демография в государственной и местной власти
• Химия (международный сертификат «EUROBAKALÁR»)
• Биохимия
o Преподавание предметов: биология и химия
o Преподавание предметов: биология и география
o Преподавание предметов: биология и учения об экологии
o Преподавание предметов: биология и математики
o Преподавание предметов: химия и математика
o Преподавание предметов: химия и информатика
o Преподавание предметов: химия и физика
o Преподавание предметов: химия и английский язык
o Преподавание предметов: химия и немецкий язык
o Преподавание предметов: география и математика
o Преподавание предметов: география и информатика
o Преподавание предметов: география и английский язык
o Преподавание предметов: география и немецкий язык
• Исследование окружающей среды (на английском языке)
• Биологическая химия (на английском языке)

Католический теологический факультет:
• Католическая теология

Педагогический факультет:
• Преподавание английского языка и литературы
• Романские языки и культура
• Преподавание немецкого языка и литературы
• Лечебная педагогика
• Творческое обучение
• Обучение музыке
• Социальная работа
• Дошкольная и начальная педагогика
• Социальная педагогика и репетиторство
• Психологическое и карьерное консультирование для лиц с ограниченными возможностями
• Социальная педагогика

Фармацевтический факультет:
• Медицинское и диагностическое оборудование

Факультет физической культуры:
• Спорт и здоровье
• Спорт, здоровье и преподавание физической культуры
• Спортивный менеджмент
• Тренерство
• Тренерство и преподавание физической культуры
• Преподавание физической культуры (в комбинации)

Медицинский факультет в Мартине:
• Медсестринское дело
• Акушерство
• Общественное здравоохранение

Медицинский факультет:
• Общая медицина
• Стоматология

Физико-математический факультет:
• Прикладная информатика
• Биомедицинская физика
• Экономика и финансовая математика
• Физика
• Информатика
• Менеджерская математика
• Математика
• Возобновляемые источники энергии и физика окружающей среды
• Страховая математика
• Преподавание начертательной геометрии (в комбинации)
• Преподавание физики (в комбинации)
• Преподавание информатики (в комбинации)
• Преподавание математики (в комбинации)

Евангелистский теологический факультет:
- Евангелическая теология с упором на социальную помощь;
- Учительство религиозного образования (в сочетании).

Факультет менеджмента:
- менеджмента;
- международного менеджмента.

Факультет социально-экономических наук:
• Прикладная экономика
• Европейские исследования
• Социальная и трудовая психология
• Социальная антропология

Философский факультет:
• Андрагогика
• Археология
• Архив
• История искусства
• Редактирование и издательская практика (на венгерском языке)
• Эстетика
• Этнология
• Философия
• История
• Информационные исследования
• Классические языки
• Культурология
• Маркетинговая коммуникация
• Музееведение и культурное наследие
• Музыковедение
• Педагогика
• Политология
• Психология
• Религиоведение
• Российские и восточноевропейские исследования
• Исследования (для иностранных студентов)
• Славянские исследования
• Словацкий язык и литература
• Социология
• Центрально-Европейские исследования (на английском языке)
• Восточно-азиатские языки и культура (с акцентом на китайский язык и культуру)
• Восточно-азиатские языки и культура (с акцентом на корейский язык и культуру)
• Журналистика
• Перевод и интерпретация
o Английский язык и культура — болгарская язык и культура
o Английский язык и культура — Французский язык и культура
o Английский язык и культура — Хорватский язык и культура
o Английский язык и культура — Немецкий язык и культура
o Английский язык и культура — Румынский язык и культура
o Английский язык и культура — Русский язык и культура
o Английский язык и культура — Словацкий язык и культура
o Английский язык и культура — Испанский язык и культура
o Английский язык и культура — Итальянский язык и культура
o Болгарский язык и культура — французский язык и культура
o Болгарский язык и культура — Немецкий язык и культура
o Болгарский язык и культура — Русский язык и культура
o Болгарский язык и культура — Словацкий язык и культура
o Французский язык и культура — Румынский язык и культура
o Французский язык и культура — Словацкий язык и культура
o Французский язык и культура — Итальянский язык и культура
o Французский язык и культура — Голландский язык и культура
o Голландский язык и культура — Немецкий язык и культура
o Хорватский язык и культура — Венгерский язык и культура
o Хорватский язык и культура — Немецкий язык и культура
o Хорватский язык и культура — Словацкий язык и культура
o Венгерский язык и культура — Словацкий язык и культура
o Немецкий язык и культура — Словацкий язык и культура
o Немецкий язык и культура — Шведский язык и культура
o Немецкий язык и культура — Испанский язык и культура
o Немецкий язык и культура — Итальянский язык и культура
o Румынский язык и культура — Испанский язык и культура
o Русский язык и культура — Словацкий язык и культура
• Преподавание академических предметов / Učiteľstvo akademických predmetov
o Преподавание английского языка, литературы и философии
o Преподавание английского языка, литературы и истории
o Преподавание английского языка, литературы и венгерского языка и литературы
o Преподавание английского языка, литературы и немецкого языка и литературы
o Преподавание английского языка, литературы и словацкого языка и литературы
o Преподавание эстетика, венгерского языка и литературы
o Преподавание эстетика, словацкого языка и литературы
o Преподавание философии и истории
o Преподавание философии и венгерского языка и литературы
o Преподавание философии и немецкого языка и литературы
o Преподавание философии и словацкого языка и литературы
o Преподавание истории и венгерского языка и литературы
o Преподавание истории и немецкого языка и литературы
o Преподавание истории и словацкого языка и литературы
o Преподавание венгерского языка, литературы и немецкого языка и литературы
o Преподавание венгерского языка, литературы и словацкого языка и литературы
o Преподавание немецкого языка, литературы и словацкого языка и литературы

Факультет права:
• Экономика и право
• Право

В университете обучаются порядка 30 000 студентов, в число которых входит около 2 500 иностранных студентов из более чем 70 стран мира. Обучают студентов более 2 000 преподавателей.

В университете преподают большое количество иностранных языков, в том числе: английский, немецкий, венгерский, русский, китайский, японский, корейский и языки стран Скандинавии.

Университет гордится своими выпускниками. На юридическом факультете обучался видный государственный деятель Чехословакии Александр Дубчек, бывший президент Словакии Иван Гашпарович, три премьер-министра Словакии – Владимир Мечьяр, Йозеф Моравчик и Роберт Фицо.

Одним из престижных факультетов Словакии является медицинский факультет Ессениуса при Университете им. Коменского, находящийся в Мартине. Это один из трех медицинских факультетов государственных университетов в Словацкой республике. На факультете можно получить специальность по программе «Общая медицина» на словацком и английском языках. Образование соответствует всем требованиям ЕС. Университет входит в число лучших в Европе.